Contexte

Une analyse Minerva publiée en 2021 avait eu l’occasion de se pencher sur la performance des différents tests visant au diagnostic de la covid (1,2). Cette dernière concluait à la supériorité claire du test RT-PCR considéré actuellement comme un gold standard. En revanche, les performances diagnostiques des différentes méthodes de prélèvement ne sont pas encore clairement établies. L’étude analysée ici (3) se propose de préciser les choses.

Résumé

Méthodologie

Revue systématique et méta-analyse utilisant un modèle à effet aléatoire, pondération par l’inverse de la variance et utilisation de l'estimateur du maximum de vraisemblance pour l’hétérogénéité.

Sources consultées

• les bases de données consultées : OVID, MEDLINE, Embase, et Web of Science ainsi que la littérature non encore publiée sur medRxiv, bioRxiv, SSRN, and Research Square, sans restriction de langue.

Etudes sélectionnées

• les études comparant un prélèvement nasopharyngé à n’importe quelle autre méthode de prélèvement des voies respiratoires : prélèvements combinés nasaux et pharyngé, salive, écouvillons nasaux et écouvillons de gorge
• les études sans données sur des échantillons appariés ou celles examinant des prélèvements chez des cas confirmés ont été exclues.

Population étudiée

• des personnes avec suspicion d’infection en ambulatoire, ont été incluses

Mesures des résultats

• sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive et négative.

Résultats

• 23 études de cohorte diagnostiques ont été analysées
• les échantillons évalués sont des écouvillons nasaux (1662 échantillons), de la salive (6110 échantillons), des écouvillons de gorge (338 échantillons), des écouvillons nasaux et de gorge combinés (719 échantillons) et, la norme de référence, un écouvillon nasopharyngé prélevé par des travailleurs de la santé (7973 écouvillons)
• les prélèvements combinés donnent la sensibilité la plus élevée 97% (avec IC à 95% de 93 à 100) alors que des sensibilités plus faibles ont été obtenues avec la salive (85%, avec IC à 95% de 75 à 93) et les prélèvements nasaux (86%, avec IC à 95% de 77 à 93) ; une sensibilité encore plus faible est associée aux frottis de gorge (68%, avec IC à 95% de 35 à 94) 
• des valeurs prédictives positives élevées ont été obtenues pour l'analyse combinée (97%, avec IC à 95% de 90 à 100) et les écouvillons nasaux (96%, avec IC à 95% de 87 à 100) et une valeur prédictive positive légèrement inférieure pour la salive (93%, avec IC à 95% de 88 à 97) ; les prélèvements de gorge ont la valeur prédictive positive la plus faible de 75% (avec IC à 95% de 45 à 96) ; la spécificité est comparable pour les différentes méthodes de prélèvement (97-99%) et une valeur prédictive négative (95-99%) a été observée.

Conclusion des auteurs

Les auteurs concluent que les prélèvements combinés ont offert les meilleures performances diagnostiques des approches d'échantillonnage alternatives pour le diagnostic de l’infection par le SARS-CoV-2 en soins ambulatoires. La salive et les prélèvements nasaux ont donné des performances diagnostiques comparables et sont des méthodes alternatives de prélèvement d'échantillons cliniquement acceptables. Les prélèvements de gorge ont donné un résultat beaucoup plus faible en termes de sensibilité et de valeur prédictive positive et ne devraient pas être recommandés.

Discussion

Évaluation de la méthodologie

Les auteurs ont utilisé le « Scottish Intercollegiate Guidelines Network methodology checklist » adapté du « Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies tool for diagnostic studies » afin d’évaluer la qualité méthodologique des études incluses, y compris le risque de biais et l’applicabilité. La qualité des études incluses est évaluée de bonne à acceptable et le risque de biais est considéré comme faible.

Une des limites majeures de cette étude est son hétérogénéité. D’une part clinique, concernant principalement la prévalence de la maladie (4,3% à 84,1% selon les études) mais également la localisation des études, le statut des patients, le type de gène ciblés, le variant concerné, et certaines études ne sont pas revues par les pairs. Il existe également une hétérogénéité statistique importante au niveau des résultats. Concernant la sensibilité, la spécificité, la VPN et la VPP des études sur la salive et les prélèvements nasaux, le I² variait entre 69% et 93%. Concernant le prélèvement combiné, I² était compris entre 0% et 57% et concernant le prélèvement de gorge entre 0% et 74%. Malgré des analyses stratifiées, l’hétérogénéité est restée élevée impliquant que des facteurs n’ont pas été pris en compte et affectent les résultats. Les auteurs n’ont pas pratiqué de méta-régression en raison du nombre trop faible d’études.

Les auteurs attirent notre attention sur un potentiel biais de publication. En effet, des rapports sélectifs pourraient avoir entraîné une surestimation de certaines performances si les études avec de mauvais résultats auraient été moins susceptibles d'être publiées.

Cette étude est financée par le « Hong Kong Research Grants Council » et ce dernier n’a aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte, l’analyse et l’interprétation des données ou la rédaction du rapport.

Évaluation des résultats de l'étude

Les résultats semblent cohérents avec les recommandations actuelles (4) concernant les prélèvements qui font bien apparaitre la même hiérarchie de fiabilité.

Que disent les guides de pratique clinique ?

Sur le site de Sciensano on peut lire, concernant les méthodes de prélèvement d’un échantillon en vue de faire un test RT-PCR, : « La meilleure manière de réaliser un test RT-PCR […] est de faire un prélèvement nasopharyngé ou un prélèvement combiné nez-gorge. [..] En cas de difficulté, un échantillon de salive ou un écouvillon nasal peu profond (nasal antérieur ou milieu des cornets) peut être une alternative dans certaines situations. ». Une mise à jour nous alerte également concernant l’impact du variant Omicron : « Attention : en raison de l'incertitude quant à la fiabilité des écouvillons nasaux peu profonds pour la détection de la variante Omicron, l'utilisation des écouvillons nasaux est temporairement déconseillée jusqu'à ce que les choses soient plus claires. » (4)

Conclusion de Minerva

Cette revue systématique avec méta-analyse de qualité correcte mais présentant une hétérogénéité non négligeable confirme la fiabilité importante du prélèvement combiné nasal et gorge. Elle confirme également que les prélèvements nasaux ou salivaires ont une place en tant qu’alternative (sous réserve de l’impact du variant omicron sur la fiabilité des prélèvements nasaux). Enfin, elle écarte le prélèvement pharyngé seul comme option en raison de son manque d’efficacité.

Références  

1. Michiels B. La précision des tests diagnostiques pour le dépistage de la covid-19. MinervaF 2021;20(2):14-8.
2. Böger B, Fachi MM, Vilhena RO, et al. Systematic review with meta-analysis of the accuracy of diagnostic tests for COVID-19. Am J Infect Control 2021;49:21-9. DOI: 10.1016/j.ajic.2020.07.011
3. Tsang NN, SO HC, Ng KY, et al. Diagnostic performance of different sampling approaches for SARS-CoV-2 RT-PCR testing: a systematic review and meta-analysis. Lancet Infect Dis 2021;21:1233-45. DOI: 10.1016/S1473-3099(21)00146-8
4. Prélèvement d’échantillons. Coronavirus Covid-19. Accessed March 14, 2022. URL : https://covid-19.sciensano.be/fr/procedures/prelevement-dechantillons